- USS Crick (Nebula class)
- USS Crimea
- USS Cristiani
- USS Cristiani (Akira class)
- USS Cristiani (NCC-866)
- USS Cristo
- USS Croatan
- USS Crockett (Defiant class)
- USS Crockett (Galaxy class)
- USS Crockett (NCC-38995)
- USS Crockett (NCC-600)
- USS Crommalen
- USS Cromwell (NCC-4377)
- USS Crossfield
- USS Crow River
- USS Crowell
- USS Crusader
- USS Crusader (Akira class)
- USS Crusader (Galaxy X class)
- USS Crécy
- USS Culebra
- USS Culloden
- USS Culver City
- USS Cumberland
- USS Cunningham (Edward class)
- USS Cunningham (NCC-97949)
- USS Curie (NCC-81890)
- USS Curie (NCC-81890-J)
- USS Curie (Nebula class)
- USS Curie (hospital ship)
- USS Curry (NCC-42254)
- USS Custer
- USS Cutlass (Arbiter class)
- USS Cutlass (Constitution class)
- USS Cutlass (Defender class)
- USS Cutlass (Guardian class)
- USS Cutlass (Interceptor class)
- USS Cutlass (Saber class)
- USS Cuyahoga (NCC-325069)
- USS Cybele
- USS Cydonia
- USS Cygni Minor
- USS Cygnus (NCC-617)
- USS Cygnus (NCC-92190)
- USS Czar
- USS Czar'ak
- USS Czar Alexander IV
- USS D'hjty
- USS D. Robinson
- USS Da'Leb
- USS Da'kum'ulcha
- USS Da-Teplan
- USS Da Nang
- USS Daedalus
- USS Dakar
- USS Dakota
- USS Dallas
- USS Dallas (NA-02)
- USS Dallas (NCC-2019)
- USS Dallas (NCC-2759)
- USS Dalmatia
- USS Dalzell
- USS Damon West
- USS Dana (NCC-1690)
- USS Dana (hologram)
- USS Danan
- USS Daniel Boone
- USS Daniel Morgan
- USS Danielewski
- USS Dannan
- USS Dante
- USS Danton Abrams
- USS Danube
- USS Danube (NX-72003)
- USS Danube (mining freighter)
- USS Danvers
- USS Daran
- USS Daran V
- USS Daredevil
- USS Daring
- USS Daring (Constellation class)
- USS Daring (NCC-1872)
- USS Darion
- USS Darion (Excelsior class)
- USS Darion (NCC-1810)
- USS Darius (Akira class)
- USS Darius (NCC-502)
- USS Darrow
- USS Darwin (23rd century)
- USS Darwin (Nebula class)
- USS Dataphda
- USS Dauntless (Defiant class)
- USS Dauntless (Galaxy class) (II)
- USS Dauntless (NCC-1697)
- USS Dauntless (NCC-2012)
- USS Dauntless (NCC-71879)
- USS Dauntless (NCC-80816)
- USS Dauntless (NX-01-A)
- USS Dauntless (NX-47700)
- USS David
- USS Davis (NCC-74967)
- USS Davis (construction ship)
- USS Davout
- USS Dawson City
- USS Dayan
- USS Daystrom (NCC-1501)
- USS Daystrom (NCC-20014)
- USS Daystrom (NCC-98800)
- USS Dayton (NCC-1653)
- USS Dayton (NCC-1804)
- USS DeForest Kelley
- USS DeWitt
- USS DeWitt (NCC-47702)
- USS De Mayo
- USS De Milo
- USS De Ruyter
- USS De Ruyter (Galaxy class)
- USS De Ruyter (NCC-1528)
- USS De Ruyter (NCC-538)
- USS De Ruyter (Norway class)
- USS Debakey
- USS Decatur (NCC-1003)
- USS Decatur (NCC-97942)
- USS Decatur (Ranger class)
- USS Decker (Akula class)
- USS Decker (NCC-74977)
- USS Decker (NCC-95792)
- USS Decker (NCC-96003)
- USS Deerslayer
- USS Defence
- USS Defence (NCC-1531)
- USS Defence (Norway class)
- USS Defender (Akira class)
- USS Defender (NCC-26227)
- USS Defiance (Galaxy class)
- USS Defiance (NCC-1717)
- USS Defiant (Enterprise class)
- USS Defiant (Kelvin timeline NCC-1764)
- USS Defiant (Kelvin timeline NX-74205)
- USS Defiant (NCC-1764)
- USS Defiant (NCC-1764) library computer
- USS Defiant (NCC-75633-C)
- USS Defiant (NX-74205) (I)
- USS Defiant (NX-74205) (II)
- USS Defiant (NX class)
- USS Defiant (Vigilant class)
- USS Defiant Corps of Exploration crew
- USS Defiant personnel roster
- USS Degrasse
- USS Degrasse (NCC-345)
- USS Degrasse (Saber class)
- USS Delambre
- USS Delaware (mining freighter)
- USS Delaware (runabout)
- USS Delbora
- USS Deliverance
- USS Delphi
- USS Delphine
- USS Demeter (NCC-26295)
- USS Demeter (NCC-79914)
- USS Demeter (science vessel)
- USS Demetrius
- USS Denarius
- USS Deneb (Aerie class)
- USS Deneb (NCC-1826)
- USS Deneb (Rigel class)
- USS Deneb Clar
- USS Deneva
- USS Deneva Ra
- USS Denmark (Norway class)
- USS Denmark (Saber class)
- USS Dennison
- USS Denver
- USS Denver (NCC-54927)
- USS Denver (Steamrunner class)
- USS Deputy
- USS Der Sonnenaufgang
- USS Dervish (Intrepid class)
- USS Dervish (NX-96010)
- USS Descartes
- USS Deslandres
- USS Dessalines
- USS Destiny (NX-95600)
- USS Destiny (Sovereign class)
- USS Deuagarilla
- USS Devastator
- USS Devilfish
- USS Devon
- USS Devore
- USS Devron
- USS Dewey (NCC-344)
- USS Dewey (NCC-4414)
- USS Diadem
- USS Diamond
- USS Diana
- USS Dietrich Vinsel
- USS Diligent
- USS Diogenes
- USS Diomedes
- USS Dionysus
- USS Directorate (NCC-2110)
- USS Directorate (Sovereign class)
- USS Discovery
- USS Discovery (Daedalus class)
- USS Discovery (NCC-100)
- USS Discovery (NCC-1031) personnel
- USS Discovery (NCC-1798)
- USS Discovery (NCC-3006)
- USS Discovery (NCC-52333)
- USS Discovery (NCC-62049)
- USS Discovery (NCC-85527)
- USS Discovery personnel roster
- USS Disney
- USS Dispatch
- USS Divine Wind
- USS Dixie Lady personnel
- USS Docana
- USS Doenitz
- USS Doermann
- USS Dollfus
- USS Dollond
- USS Dolphin
- USS Dolphin (NCC-1939)
- USS Dominance
- USS Dominance (Akira class)
- USS Dominance (Galaxy class)
- USS Domination
- USS Dominator
- USS Dominion (Federation class)
- USS Dominion (Ulysses class)
- USS Donati
- USS Donitz
- USS Doolittle
- USS Doolittle (NCC-341)
- USS Doolittle (Saber class)
- USS Doppler
- USS Dordogne
- USS Dorothy Garrod
- USS Dosalnar
- USS Dostam
- USS Douglas (NCC-1685)
- USS Douglass
- USS Dr. Margaret Flinn
- USS Dragnet
- USS Dragon
- USS Drake (Daedalus class)
- USS Drake (Fortunate class)
- USS Drake (NCC-1801)
- USS Drake (NCC-20381)
- USS Drake (NCC-305)
- USS Drake (NCC-50026)
- USS Drake (NCC-541)
- USS Drake (NCC-70956)
- USS Drake (Oberth class)
- USS Drake (scout)
- USS Drakendesh
- USS Dresselhaus
- USS Drexler
- USS Drexler (NCC-97626)
- USS Dreyer
- USS Dreyfus
- USS Drox
- USS Du Bois
- USS Dubhe (NCC-1834)
- USS Dublin (London class)
- USS Dublin (Steamrunner class)
- USS Dudayev
- USS Duncan
- USS Dunkerque
- USS Dunkirk
- USS Dunlop
- USS Dunnigan
- USS Dunnock
- USS Dunsel
- USS Dupre
- USS Duster
- USS Dutton
- USS Dvorak
- USS Dwight D. Eisenhower
- USS Dykstra
- USS Dyson
- USS Eagle (Akula class)
- USS Eagle (Defiant class)
- USS Eagle (Galaxy class)
- USS Eagle (NCC-2031)
- USS Eagle (NCC-956)
- USS Earhart (24th century)
- USS Earhart (NCC-1052)
- USS Earhart (NCC-97937)
- USS Earickson
- USS East Anglia
- USS Eclipse (Defiant class)
- USS Eclipse (NCC-47550)
- USS Eddington
- USS Edinborough
- USS Edinburgh
- USS Edison (NCC-1683)
- USS Edison (NCC-1683) (II)
- USS Edison (NCC-95160)
- USS Edison (Nebula class)
- USS Edison (hologram)
- USS Edison (science vessel)
- USS Edson
- USS Edward
- USS Effros
- USS Eichelberger
- USS Eilonwy
- USS Einstein (NCC-20004)
- USS Eisenhower (NCC-1862)
- USS Eisenhower (NCC-4441)
- USS Eisenhower (NCC-534)
- USS Eisenman
- USS Ekinus
- USS Ekos
- USS El Capitan
- USS El Cid
- USS El Dorado (Constitution class)
- USS El Dorado (Galaxy class)
- USS El Dorado (mining freighter)
- USS El Dorado (prototype)
- USS El Nath
- USS Elas
- USS Electra
- USS Elestan
- USS Elgin
- USS Elgon
- USS Eliel
- USS Elizabeth
- USS Elkins
- USS Elliot
- USS Elliot Ness
- USS Ellison
- USS Elohim
- USS Embassy
- USS Emden
- USS Emerald
- USS Emerson
- USS Emissary
- USS Emmett Till
- USS Emperador
- USS Emperor
- USS Empyrean
- USS Encke
- USS Encounter
- USS Endeavor (Akira class)